ΕΛ/ΛΑΚ | creativecommons.gr | mycontent.ellak.gr |
freedom

Ανάλυση του Covid-19 μέσα από τα ανοιχτά δεδομένα

Η ανάπτυξη των ανοικτών δεδομένων και των δυνατοτήτων που προσφέρουν έχουν κινήσει το ενδιαφέρον όχι μόνο των ερευνητών αλλά και φορέων, δημοσίων και ιδιωτικών. Το παρόν άρθρο έχει ως στόχο μια πρώτη γνωριμία με τα ανοικτά δεδομένα αναλύοντας την πανδημία Covid-19 μέσα από αυτά.

Σύμφωνα με την Wikidata, τα ανοιχτά δεδομένα είναι δεδομένα στα οποία ο καθένας μπορεί ελεύθερα και εύκολα να έχει πρόσβαση,να χρησιμοποιεί και να μοιράζεται. Επιφέρουν κοινωνικά, οικονομικά και περιβαλλοντικά οφέλη και καθίστανται χρησιμοποιήσιμα όταν διατίθενται σε  μηχαναγνώσιμη μορφή συνοδευόμενα από την κατάλληλη άδεια χρήσης, συμπεριλαμβανομένης της μετατροπής και της κοινής χρήσης τους με άλλους, ακόμη και για εμπορικό σκοπό. Συχνά υπάρχει κόστος για τη δημιουργία, τη διατήρηση και τη δημοσίευση ανοικτών δεδομένων. Ωστόσο παρέχεται η ελευθερία χρήσης, επαναχρησιμοποίησης και αναδιανομής, ακόμη και με εμπορικό χαρακτήρα.

Η έρευνα μας βασίζεται σε πληροφορίες από την βάση δεδομένων Wikidata. Θέτοντας ερωτήματα στο SPARQL Endpoint της Wikidata (https://query.wikidata.org/), εξήχθησαν δεδομένα σχετικά με τον Covid-19, τα οποία οπτικοποιήθηκαν με τη χρήση του Tableau (https://online.tableau.com/).

Παρακάτω φαίνεται ένα μέρος του γράφου που δημιουργήσαμε ώστε να συνδέσουμε τις οντότητες τις οποίες χρησιμοποιούμε στην πορεία της έρευνας μας. 

γράφος, rdf μορφη, οντότητες για covid-19

Η επιδημία του νέου κορονοϊού το 2019 (Covid-19)

Ο νέος κοροναϊός που προκλήθηκε από τον ιό SARS-CoV-2 πρωτοεμφανίστηκε στην Ουχάν της Κίνας στα τέλη του 2019, όπου και επιβεβαιώθηκε ο πρώτος θάνατος. Εξαπλώθηκε με ραγδαία αύξηση κρουσμάτων, όπως παρατηρούμε και στο χάρτη όπου αυτά φαίνονται ανά εκατομμύριο πληθυσμού της κάθε χώρας (Εικόνα 1).


Εικόνα 1: Παγκόσμιος χάρτης κρουσμάτων Covid-19 ανά εκατομμύριο πληθυσμού (τα δεδομένα καλύπτουν έως και την 12η Μαΐου)


Θνησιμότητα και εξάπλωση

Έως τις 12 Μαΐου, οι θάνατοι που καταγράφονται παγκόσμια ξεπερνούν τις 295.000. Επιλέξαμε λοιπόν να δείξουμε μέσα από έναν χάρτη, τους θανάτους σε κάθε χώρα, όχι σε συγκεντρωτικά ποσά, αλλά ανά εκατομμύριο πληθυσμού της εκάστοτε χώρας (Εικόνα 2).


Εικόνα 2: Παγκόσμιος χάρτης θανάτων από Covid-19 ανά εκατομμύριο πληθυσμού (τα δεδομένα καλύπτουν έως και την 12η Μαΐου)

Οι Η.Π.Α. μέχρι στιγμής είναι μία από τις χώρες που έχουν πληγεί περισσότερο από την πανδημία με τον αριθμό των νεκρών μέχρι τις 12 Μαΐου να ξεπερνά τους 80.000. Παρατηρείται απότομη αύξηση θανάτων, με τον πρώτο να καταγράφεται στις 29 Φεβρουαρίου. Ως τα τέλη Μαρτίου η αύξηση είχε μεν ανοδική πορεία αλλά με έναν χαμηλό ρυθμό, ενώ από τον Απρίλιο ο ρυθμός αυξήθηκε αισθητά (Εικόνα 3).


Εικόνα 3: Η καμπύλη θανάτων της επιδημίας στις ΗΠΑ

Σύγκριση με άλλες ασθένειες

Εικόνα 4: Ποσοστά θνησιμότητας Covid-19, Sars και Ebola

.

Αρκετό ενδιαφέρον παρουσιάζει η σύγκριση του Covid-19 με άλλες πανδημίες όπως ο Sars αλλά και ο Ebola, ο οποίος μάλιστα είχε διάφορες εξάρσεις από τη στιγμή που πρωτοεμφανίστηκε (1976) μέχρι σήμερα. Το μεγαλύτερο κύμα έξαρσης του Ebola είναι αυτό της Δυτικής Αφρικής (2013-2016) με συνολικά κρούσματα 28.646 και 11.323 θανάτους, με μέση θνησιμότητα 40%. Παρατηρούμε στο διάγραμμα, τα ποσοστά θνησιμότητας του Covid-19 ως τις 6 Μαίου, των Sars (2002-2003) και Ebola (2013-2016), του οποίου μάλιστα ήταν και το πιο ισχυρό κύμα έξαρσης  (Εικόνα 4)

Covid-19 & Ebola

Το κύμα 2013-2016 στη Δυτική Αφρική, έπληξε σε μεγάλο βαθμό τη Γουινέα, τη Λιβερία, τη Σιέρα Λεόνε όπως φαίνεται και παρακάτω και σε μικρότερο τη Νιγηρία, το Μάλι αλλά και εργαζόμενους υγειονομικούς από τις ΗΠΑ και την Ισπανία (Εικόνα 5). Επίσης μεμονωμένα κρούσματα υπήρξαν σε Ιταλία, Σενεγάλη και Ηνωμένο Βασίλειο.


Εικόνα 5: Κρούσματα και θάνατοι από τον έμπολα της Δυτικής Αφρικής στις περιοχές της Γουινέας, της Λιβερίας και της Σιέρα Λεόνε

Εικόνα 6: Κρούσματα και θάνατοι από τον Covid-19 στις περιοχές της Γουινέας, της Λιβερίας και της Σιέρα Λεόνε


Η τελευταία έξαρση της νόσου εμφανίστηκε το 2018 στην ανατολική περιοχή του Κίβου στη Λαϊκή Δημοκρατία του Κονγκό, όπου πήρε και το όνομα Κίβου Έμπολα, συνεχίζοντας έως σήμερα πλήττοντας την Ουγκάντα και το Κονγκό (Εικόνα 7). Συνολικά σημειώθηκαν πάνω από 2938 κρούσματα της νόσου και 1679 θάνατοι.


Εικόνα 7: Κρούσματα και θάνατοι από τον Κίβου έμπολα στις περιοχές της Ουγκάντα και του Κονγκό

Εικόνα 8: Κρούσματα και θάνατοι από τον Covid-19 στις περιοχές της Ουγκάντα και του Κονγκό


Covid-19 και Κοινή Γρίπη


Εικόνα 9: Χρόνος επώασης συμπτωμάτων της γρίπης και του Covid-19

Άλλη μια ενδιαφέρουσα σύγκριση, είναι αυτή με την κοινή γρίπη, όπου παρατηρείται και αρκετά κοινή συμπτωματολογία. Μεγάλη αντίθεση υπάρχει στον ελάχιστο χρόνο επώασης μεταξύ των δύο, αφού στην γρίπη το διάστημα αυτό είναι 18 ημέρες ενώ στον covid-19 μόλις 2.

Συστήματα υγείας

Τον πιο σημαντικό ρόλο στην αντιμετώπιση του ιού έχουν οι προσπάθειες των δημόσιων νοσοκομείων και των φαρμακοβιομηχανιών για την εύρεση θεραπείας και εμβολίου, για τον λόγο αυτό θελήσαμε και να δούμε τη διασπορά τους παγκόσμια, όπως και φαίνεται στα παρακάτω σχήματα.

Εικόνα 10: Τα δημόσια νοσοκομεία παγκόσμια

Εικόνα 11: Οι μεγάλες φαρμακοβιομηχανίες παγκόσμια

Κλινικές Δοκιμές

Υπάρχουν γενικά, 4 φάσεις κλινικών δοκιμών:

1. Πειραματική θεραπεία για πρώτη φορά σε μία μικρή ομάδα ατόμων (20- 80).
2. Αξιολόγηση αποτελεσματικότητας και περαιτέρω ασφάλειας χρήσης σε μία μεγαλύτερη ομάδα ασθενών (100-300).
3. Επιβεβαίωση αποτελεσματικότητας σε πολύ μεγαλύτερες ομάδες ασθενών (1.000-3.000).
4. Παρακολούθηση της ασφάλειας και συνεχής τεχνική υποστήριξη ενός φαρμάκου αφού λάβει άδεια για χρήση.


Εικόνα 12: Κλινικές δοκιμές για τον Covid-19 και τα στάδια τους

Παρατηρούμε ότι οι περισσότερες δοκιμές  για τον Covid-19, βρίσκονται σε πρώιμο στάδιο. Ελάχιστες από αυτές έχουν ολοκληρώσει το πειραματικό στάδιο ενώ, μόλις 13 από τις 154 δοκιμές βρίσκονται στη φάση 4 (Εικόνα 12).

Συμπεράσματα

Η δημιουργία και η συντήρηση των ανοιχτών δεδομένων είναι απαραίτητες για την  σωστή πληροφόρηση και τη διατήρηση της αξίας τους και η σωστή αξιοποίηση τους μπορεί να συμβάλλει στην ολοκλήρωση μιας εκτενούς έρευνας.

Σχετικά με τον Covid-19, μέσα από την σύγκριση δεδομένων με άλλες πανδημίες μπορεί να επιτευχθεί βελτίωση της αντίληψης της παρούσας κατάστασης, ορθότερη πρόληψη και έλεγχος της αποτελεσματικότητας των κλινικών ερευνών.


Παράρτημα

Ενδεικτικά Sparql ερωτήματα που χρησιμοποιήθηκαν:

A. Τα κρούσματα και οι θάνατοι του νέου κορονοϊού ανά χώρα, ο πληθυσμός κάθε χώρας και ο υπολογισμός των κρουσμάτων ανά εκατομμύριο ανθρώπων κάθε χώρας

Β. Σύνολο κλινικών δοκιμών για COVID-19

*Το άρθρο αυτό δημιουργήθηκε από τους φοιτητές: Δημητριάδου Παναγιώτα, Μπομπότα Αικατερίνη, Πανίδη Κωνσταντίνο, Πέτραϊ Βιόλα και Σημαιοφορίδη Νικόλαο του μεταπτυχιακού προγράμματος του τμήματος της Εφαρμοσμένης Πληροφορικής (κατεύθυνση Επιχειρηματική Πληροφορική) του Πανεπιστημίου Μακεδονίας στα πλαίσια του μαθήματος “Καινοτόμα Συστήματα Η-Επιχειρείν” με υπεύθυνο καθηγητή τον κ. Ευθύμιο Ταμπούρη.


Leave a Comment